Σύμφωνα με τα αρχαιολογικά δεδομένα (επιφανειακά ευρήματα, θραύσματα αγγείων, κατάλοιπα οικισμού στην θέση Επισκοπή, κτλ), η επίκοιση στο νησί ανάγεται στους πολύ προ της Ομηρικής περιόδου χρόνους, δηλαδή στην Ύστερη Νεολιθική εποχή (3000 - 2600 π.Χ.).

Στο σπήλαιο κοντά στις Πέβγες, νότια του οικισμού, έχουν βρεθεί ίχνη από την ύστερη νεολιθική εποχή και ένα από τα σημεία του νησιού που φαίνεται ότι κατοικήθηκε σε όλες τις εποχές ήταν η Eπισκοπή, το κυριότερο γεωργοκτηνοτροφικό κέντρο του νησιού, καθώς εδώ υπήρχαν πλούσιες πηγές νερού. Στη διάρκεια της πρωτοελλαδικής περιόδου η εγκατάσταση έγινε κοντά στη Zούρβα, στον Aγιο Nικόλαο, στον Aγιο Γεώργιο Mπίστη, στη Nησίζα και οι άνθρωποι με τα πλοία τους έκαναν εμπόριο οψιδιανού. Iχνη κατοίκησης από τη γεωμετρική εποχή υπάρχουν στον Bλυχό. Eπίσης υπάρχουν ίχνη από τη μακεδονική εποχή, από την υστερορωμαϊκή και τη βυζαντινή σε διάφορα σημεία.

Η Ύδρα φαίνεται ότι δεν κατάφερε στους αιώνες που ακολούθησαν να εξελιχθεί σε τόπο κοινωνικά και ιστορικά συγκροτημένο.

Η Υδραία λοιπόν, όπως την ονομάζει ο Ηρόδοτος, περίπου τον 13ο π.Χ. αιώνα, γίνεται τόπος εγκατάστασης και διαμονής Δρυόπων αγροτών, βοσκών και ψαράδων, ανθρώπων σκληροτράχηλων χωρίς ιδιαίτερες φιλοδοξίες και αναζητήσεις πέρα των στενών ορίων του τόπου τους, οι οποίοι προηγουμένως ζούσαν στις ορεινές περιοχές του Παρνασσού και της Οίτης και κατέφυγαν στο νησί κάτω από την πίεση των Δωριέων.

Δύο αιώνες αργότερα, με την κάθοδο των Δωριέων, οι Δρύοπες εξαφανίζονται και χάνεται κάθε ίχνος ζωής στο νησί και παρέμενε ένας τόπος τραχύς και σχεδόν έρημος, αποκομμένος από την ιστορική και πολιτιστική εξέλιξη.

Κατά την Πρώιμη Αρχαιότητα ο ιστορικός της ρόλος εξακολουθεί να παραμένει ασήμαντος. Το πιθανότερο είναι να υπαγόταν στην δικαιοδοσία του πανίσχυρου τότε Βασιλείου των Μυκηνών (Ομήρου Ηλιάδα, στ. 100 - 109), το οποίο γύρω στα 560 π.Χ. περιήλθε αρχικά στους Ερμιονείς μέχρι το 525 π.Χ., οπότε σύμφωνα με ιστορική μαρτυρία του Ηροδότου, αγοράστηκε από Σάμιους πολιτικούς φυγάδες για να παραδοθεί αργότερα από αυτούς στους Τροιζηνίους που επιμόνως επιζητούσαν την κατοχή της κυρίως για λόγους καλλιέργειας και βοσκής των αιγοπροβάτων τους. Υπό την εξουσία των Τροιζήνιων, η Ύδρα παραμένει μέχρι τον 4ο π.Χ. αιώνα.

Ιστορικοί της αρχαιότητας όπως ο Ηρόδοτος (Γ' 19), ο Γεωγράφος Πτολεμαίος (Δ' 334), ο περιηγητής Παυσανίας (Β' 439) και οι Λεξικογράφοι Στέφανος ο Βυζάντιος (6ος αιώνας πχ) και Ησύχιος (5ος αιώνας π.Χ.), σπανίως κάνουν μνεία του ονόματός της.

Κλασικοί - Ρωμαϊκοί-Βυζαντινοί χρόνοι

Η μοναδική μαρτυρία που υπάρχει για την Ύδρα στους Κλασικούς χρόνους είναι η αναφορά του Στέφανου του Βυζάντιου για έναν κωμωδιογράφο με το όνομα Ευάγης, ο οποίος κατοικούσε στο νησί.

Δεν υπάρχουν πληροφορίες για την περίοδο της Ρωμαιοκρατίας και της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας στο νησί. Το γεγονός αυτό δημιούργησε αρχικά την εντύπωση ότι η Ύδρα παρέμενε ακατοίκητη στα Ρωμαϊκά και τα Βυζαντινά χρόνια. Όμως οι ανασκαφές στην Επισκοπή μαρτυρούν ότι η Ύδρα αυτή την εποχή κατοικείται. Φαίνεται ότι εξαιτίας των συχνών πειρατικών επιδρομών ένας μεγάλος αριθμός από τους κατοίκους της είχε εγκαταλείψει το νησί, ενώ οι υπόλοιποι είχαν αποσυρθεί στο εσωτερικό του.

15ος - 16ος - 17ος και 18ος αιώνας

Στις δυτικές μεσαιωνικές πηγές - κυρίως γεωγραφικά κείμενα και χάρτες - το όνομα του νησιού εμφανίζεται παραλλαγμένο με διάφορες μορφές (Sidra, Sidre, Sidera, Sidero, Sidro κ.α.), ενώ δεν έχει διευκρινιστεί ο χρόνος καθιέρωσης του σημερινού ονόματος.

Οι απαρχές του 15ου αιώνα βρίσκουν την Ύδρα, αθόρυβη πάντα ιστορικά, κατοικημένη από λίγες γεωργικές και ποιμενικές οικογένειες.

Από το 1460 αρχίζει η πρώτη έντονη εποικιστική κίνηση και η εγκατάσταση στην Ύδρα Ορθοδόξων Αλβανών φυγάδων, οι οποίοι πολεμώντας στο πλευρό των Ενετών κατά τη διάρκεια του δεκαεξάχρονου Ενετοτουρκικού πολέμου (1463 - 1479) στην Πελοπόννησο και κυνηγημένοι από τους Τούρκους, βρίσκουν μετά από εναγώνια αναζήτηση, εγκατάσταση και σωτηρία σε τόπους κοντινούς, ορεινούς και δυσπρόσιτους, όπως η Ύδρα και συγχωνεύονται με τους ντόπιους. Το βραχώδες και άγονο έδαφος της Ύδρας τους ανάγκασε να στραφούν προς την θάλασσα και να γίνουν άριστοι ναυτικοί.

Είναι ακριβώς η εποχή που αρχίζει η ανοικοδόμηση και η δημιουργία της σημερινής πόλης της Ύδρας με πρώτο οικιστικό πυρήνα τον λόφο της Κιάφας, προφανώς για λόγους ασφαλείας των κατοίκων, για να προφυλαχτούν από πιθανούς επιδρομείς και πειρατές.

Οι ταραγμένες συνθήκες που επικρατούσαν τον 16ο και 17ο αιώνα με τις πολεμικές συγκρούσεις κατά την διάρκεια του Ενετοτουρκικού (1700 - 1715), του Ρωσοτουρκικού πολέμου (1768 - 1774), και οι εξεργέσεις στον ελλαδικό χώρο κατά την διάρκεια του ίδιου αιώνα μαζί με τη συνακόλουθη έλλειψη ασφάλειας ήταν η κύρια αιτία της εγκατάστασης στο νησί νέων οικογενειών, αλβανόφωνων και ελληνικών, από διάφορες περιοχές του ελλαδικού και μικρασιατικού χώρου. Μεταξύ αυτών οι οικογένειες Λαζάρου και Ζέρβα μετέπειτα Κοκκίνη και Κουντουριώτη απο την Ήπειρο, η οικογένεια Μπαρού απο την Κύθνο όπως και οι Νέγκα, Γκιώνη και Γκούμα. Επίσης οι οικογένειες Γιακουμάκη μετέπειτα Τομπάζη, απο τα Βουρλά της Σμύρνης, Κιοσσέ μετέπειτα και Σαχίνη απο τη Γένοβα, Μπουντούρη απο την Εύβοια, Βώκου μετέπειτα και Μιαούλη απο τα Φύλλα Ευβοίας, που ενδυνάμωσαν περαιτέρω - πληθυσμιακά και οικονομικά - το νησί.

Την εποχή αυτή (δεύτερο μισό του 17ου αιώνα), αρχίζει να διαμορφώνεται ο σημερινός οικισμός της Ύδρας αλλά και να τίθενται οι βάσεις για την μεταγενέστερη ανάπτυξη της ναυτιλίας, αφού το άγονο έδαφος του νησιού ανάγκασε τους κατοίκους να αναζητήσουν στη θάλασσα τους πόρους της επιβίωσης και αργότερα της ευημερίας τους.

Τον 18ο αιώνα οι Υδραίοι άρχισαν να επιδίδονται στη ναυπήγηση μικρών ιστιοφόρων (τρεχαντήρια) και από τα μέσα του ίδιου αιώνα, πλοίων μεγάλης χωρητικότητας που έπλεαν σε όλη την Μεσόγειο και τη Μαύρη Θάλασσα.

Οι προεπαναστατικοί χρόνοι

Η δημογραφική αυτή Επανάσταση είχε ασφαλώς τις θετικές και τις αρνητικές της συνέπειες όσον αφορά την εξέλιξη της υδραϊκής κοινωνικής πορείας. Από τις θετικότερες υπήρξαν η προώθηση της ανάπτυξης του εμπορίου και κυριότερα η ανάπτυξη και η αλματώδης εξέλιξη της ναυτιλίας στην Ύδρα.

Έτσι στα τέλη του 18ου αιώνα και αρχές του 19ου αιώνα, η Ύδρα εξελίσσεται σε μεγάλη ναυτική δύναμη με εμπορικό στόλο 150 πλοίων.

Oι νέες δυνατότητες που έδωσε στην ελληνική εμπορική ναυτιλία η ρωσοτουρκική συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζί (1774) μαζί με την εύνοια της Οθωμανικής διοίκησης, η οποία στηριζόταν πολύ στη ναυτική εμπειρία των Υδραίων που υπηρετούσαν στον τουρκικό στόλο, την αυτοδιοίκηση που εξασφάλισε το νησί και το διορισμό το 1802 του ικανότατου και δραστήριου Γεωργίου Βούλγαρη ως διοικητή και τοποτηρητή των Τούρκων (μπας κοτζάμπασης) και κυρίως μαζί με τη διάσπαση από τους Ελληνες ναυτικούς του αποκλεισμού που είχε επιβάλει η Αγγλία στα λιμάνια της Γαλλικής επικράτειας, κατά την διάρκεια των Ναπολεόντειων πολέμων, για την μεταφορά σιτηρών, σε συνδιασμό με την εξαφάνιση των γαλλικών πλοίων από την ανατολική Μεσόγειο, είχαν σαν αποτέλεσμα την εποχή αυτή το νησί γνωρίσει την μεγαλύτερη δύναμή του και κατ' επέκταση την οικονομική και πνευματική άνθησή του.

Το υψηλό επίπεδο ανάπτυξης της ναυτιλιακής και εμπορικής δραστηριότητας το αποδεικνύουν η ίδρυση ναυτικής σχολής με την μετάκληση ιταλών και πορτογάλων δασκάλων για τη συστηματικότερη διδασκαλία της ναυτικής τέχνης, καθώς και η θέσπιση ειδικών νόμων και κανόνων για τη ρύθμιση των σχετικών συναλλαγών.

Γίνεται συνεπώς πλήρως κατανοητό, γιατί η στιγμή της έναρξης του αγώνα στα 1821 βρήκε το μικρό και μέχρι πρότινος ασήμαντο αυτό νησί του Αργοσαρωνικού, να αριθμεί περί τους 27.000 κατοίκους.